Το Ναυτικό Μουσείο Κρήτης είναι νομικό πρόσωπο ιδιωτικού δικαίου και διοικείται από επταμελές Δ.Σ. το οποίο εκλέγεται κατά την Γενική Συνέλευση ανα τριετία. Το σημερινό συμβούλιο αποτελείται από:
- ΠΡΟΕΔΡΟΣ: Πετράκης Μανώλης, Αρχιπλοίαρχος Π.Ν. ε.α.
- ΑΝΤΙΠΡΟΕΔΡΟΣ:Δρακάκης Χαράλαμπος, Αντιπλοίαρχος Π.Ν. ε.α.
- ΓΕΝΙΚΟΣ ΓΡΑΜΜΑΤΕΑΣ:Μπαγάκης Μιχάλης, Συν. ΥΕΕΘΑ.
- ΤΑΜΙΑΣ:Χατζηχριστοδούλου Χρήστος, Τραπεζικός Υπάλληλος
- ΕΦΟΡΟΣ Γεν. Υλικού/Βιβλιοθήκης:Τσακαλιάς Δαμιανός, Αντιπλοίαρχος Π.Ν. ε.α.
- ΜΕΛΗ:α) Ναξάκης Κυριάκος, Οδοντίατρος β) Παπαγεωργίου Γήσης, Πλοίαρχος Π.Ν. ε.α.
Διευθυντής παραμένει ο Αντιπλοίαρχος ε.α. Π.Ν. Στυλιανός Φαλιέρος
Γαλάνη Νίκη, Έφορος Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων
Χαριτάκη Μαρία, Έφορος Οικονομικών θεμάτων
Ξανθουδάκης Δημήτρης, Έφορος Μάχης της Κρήτης
Στο διοικητικό συμβούλιο έχουν επίσης δικαίωμα συμμετοχής τιμητικά, εκπρόσωπος του Δήμου (σήμερα ο αντιδήμαρχος κ. Γ. Βούρβαχης) καθώς και ο Διοικητής του Ναυστάθμου Κρήτης (σήμερα ο Αρχιπλοίαρχος κ. Κ.Χρηστίδης).
Το παρόν Δ.Σ., όπως και τα προηγούμενα, οικοδομεί επάνω στα θεμέλια τα οποία έθεσαν οι δημιουργοί του. Διαπνεόμενο από υψηλό αίσθημα ευθύνης που πηγάζει από τον περίφημο επιτάφιο λόγο του Περικλή, προσπαθεί να αποτίσει φόρο τιμής δι' έργων και όχι μόνο λόγων προς αυτούς οι οποίοι «δι' έργων εδείχθησαν γενναίοι και δι' έργων μας παρέδωσαν την χώρα αυτή ένδοξη και ελεύθερη».