Σημαντικό βήμα ανάπτυξης του Μουσείου αποτελεί η παραχώρηση από το ΥΠΠΟ ενός από τα Ενετικά Νεώρια του Μόρο στον μυχό του παλιού λιμανιού των Χανίων για τη δημιουργία της μόνιμης έκθεσης. Έγινε μερική αποκατάσταση του Νεωρίου με τη συνδρομή φορέων και ιδιωτών οι οποίοι ανταποκρίθηκαν σε σχετική έκκληση του Μουσείου. Στις εργασίες αποκατάστασης περιελήφθησαν μεταξύ άλλων η ανακατασκευή της πόρτας, η επίστρωση του δαπέδου και η στεγανοποίηση της οροφής.

Σήμερα το Νεώριο είναι το μοναδικό επισκέψιμο από τα διασωζόμενα στον ενετικό λιμένα το οποίο προβάλλει την αρχική του λειτουργία χωρίς μόνιμες παρεμβάσεις. Γι'αυτό και συγκεντρώνει το ενδιαφέρον των τουριστών σε συνδυασμό με την μόνιμη έκθεση.

Κύριο έκθεμα είναι το Μινωικό πλοίο το οποίο ανακατασκευάστηκε, το πειραματικό μοντέλο, τα εργαλεία και υλικά που χρησιμοποιήθηκαν, καθώς και μια πλήρης σειρά φωτογραφιών που παρουσιάζουν τα στάδια της ναυπήγησης καθώς και τον πειραματικό πλού. Αναλυτικά το πρόγραμμα ανακατασκευής μπορείτε να το δείτε εδώ.

Περιλαμβάνονται παραδοσιακά σκάφη με την ιστιοφορία τους, τον αλιευτικό εξοπλισμό τους, εργαλεία παλαιών καραβομαραγκών, ναυτικοί κόμποι, παλάγκα, η αλιεία στην Κρήτη(1845-1979) κ.ά.