Έχοντας υπόψη την σύγχρονη αντίληψη, που υποστηρίζει ότι τα μουσεία αποτελούν χώρο μάθησης, συνάντησης, έρευνας, ανακαλύψεων αλλά και ψυχαγωγίας όχι μόνο για ειδικευμένους ή τους ανθρώπους του πνεύματος, αλλά και για το ευρύ κοινό, τους νέους και τα παιδιά, το Ναυτικό Μουσείο Κρήτης, πρώτο στο νομό Χανίων, ξεκίνησε μια σειρά εκπαιδευτικών προγραμμάτων για τα σχολεία.